国际基因组解释大赛(CAGI-6)致病变异预测冠军
在刚结束的第六届国际基因组解释大赛(CAGI-6)中,实验室研究生陈恳和丁茂林在致病基因变异预测(Sherloc clinical classification)中荣获冠军,并受邀在CAGI6会议中作线上报告。
人体约有0.1%的基因变异(~3百万个),但大多为中性变异,只有少数变异会导致疾病,其准确预测对临床诊断和精准医疗具有重要意义。为了有效评估各种预测方法,国际上举办了CAGI比赛,参赛者实行盲预测,不预知真实结果,其预测由第三方独立评估。该比赛类似于著名的国际蛋白质结构预测比赛(CASP),均由美国马里兰大学的John Moult教授组织,也被称为该领域的“奥林匹克竞赛”。
本研究组在变异预测领域有丰富经验,在2013年首次受Moult教授邀请参加肿瘤抑制基因CDKN2A变异预测,凭借在蛋白质结构预测上的丰富经验,将基于结构的自由能变化预测引入,在比赛中获得第一名,且预测误差远低于其他方法。在国内独立建立研究组后曾参加2018年CAGI-5的变异导致的可变剪接预测,获得第二名。本次比赛回归第一。