欢送嘉欣&实验室迎新

欢送实验室行政助理嘉欣同学,她将前往香港岭南大学/华师攻读博士学位。当时想着招一个文科管理类助手,可以减少人员更迭。可能是实验室学术气氛过于浓厚,连行政助理都要读博,不知是开心还是伤心。唯祝前程似锦!

也很开心增加了很多新鲜血液!

2022/08/24 13:54

恭喜陈健文荣获校优硕士论文

thesis-jianwen.jpeg 恭喜陈健文荣获校优硕士论文,全院仅三人。他的硕士论文为“基于消息传递图神经网络的分子嵌入表征学习”,融合注意力机制和图卷积开发了CoMPT模型,并在蛋白质、药物、材料分子中构建了统一的表征方式。

回忆当年健文在硕士入学时首轮落选,已做好二战准备,最后增补名额才幸运入学,三年发生了蜕变!预祝他在腾讯再创辉煌!

2022/07/01 12:24

毕业季2022

又到了一年毕业季,恭喜浩洋博士,恭喜斯颖、凌雪、健文,仲岳、游海、宋颖(左图排序)顺利毕业。斯颖继续攻读博士,其他同学将加入腾讯、阿里和字节三家顶级IT公司开辟新天地,继续发挥自己的才华。预祝他们前程似锦,生活幸福美满!

2022/06/18 11:01

Nature Comm: 天然产物逆合成AI预测

恭喜双佳,基于AI的天然产物逆合成预测终于在Nature Communication正式发表.这篇paper曾被Nature Catalysis送审,可惜遇到reviewer是老牌化学家,不愿意接受AI。

2022/06/10 14:30

国际基因组解释大赛(CAGI-6)致病变异预测冠军

在刚结束的第六届国际基因组解释大赛(CAGI-6)中,实验室研究生陈恳和丁茂林在致病基因变异预测(Sherloc clinical classification)中荣获冠军,并受邀在CAGI6会议中作线上报告。

人体约有0.1%的基因变异(~3百万个),但大多为中性变异,只有少数变异会导致疾病,其准确预测对临床诊断和精准医疗具有重要意义。为了有效评估各种预测方法,国际上举办了CAGI比赛,参赛者实行盲预测,不预知真实结果,其预测由第三方独立评估。该比赛类似于著名的国际蛋白质结构预测比赛(CASP),均由美国马里兰大学的John Moult教授组织,也被称为该领域的“奥林匹克竞赛”。

本研究组在变异预测领域有丰富经验,在2013年首次受Moult教授邀请参加肿瘤抑制基因CDKN2A变异预测,凭借在蛋白质结构预测上的丰富经验,将基于结构的自由能变化预测引入,在比赛中获得第一名,且预测误差远低于其他方法。在国内独立建立研究组后曾参加2018年CAGI-5的变异导致的可变剪接预测,获得第二名。本次比赛回归第一。

CAGI-6评估结果
CAGI-3 P16评估结果
2022/05/22 13:17

本科生入选国家级大学生创新项目

恭喜实验室20级(大二)本科生李文兵的《基于参考数据集的单细胞组学大数据智能注释系统》项目入选国家级大学生创新创业训练项目。

2022/05/13 12:29

BIB paper: scRNA-seq clustering

Many congratulations to Yuansong for the paper accepted by Brief in Bioinformatics: A parameter-free deep embedded clustering method for single-cell RNA-seq data. The study developed ADclust, an automatic deep embedding clustering method for scRNA-seq data, to cluster cells without requiring a predefined number of clusters.

2022/05/02 09:38

IJCAI paper: Subgraph Learning for DGI Prediction

Many congratulations to Jiahua for the paper accepted by IJCAI 2022 (AI top conference): “Communicative Subgraph Representation Learning for Multi-Relational Inductive Drug-Gene Interaction Prediction”. This year, 15% of the papers were accepted out of 4535 full-paper submissions.

2022/04/21 09:30

冷冻电镜建模冠军

恭喜陈晟在最新国家蛋白质中心、阿里云、英特尔(中国)三方主办的“英特尔创新大师杯”冷冻电镜蛋白质复合物结构建模大赛中,我们的方法在1917支队伍中脱颖而出获得冠军,所构建的模型与实验结构平均相似度(TM-score)0.73,远超第二名的0.53。

2022/04/20 06:44

腾讯犀牛鸟精英人才

恭喜博士生饶家华入选“2022年度腾讯犀牛鸟精英人才计划”,将开展基于知识的多模态数据分析研究。

2022/04/16 19:27

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