Nature Comm: 天然产物逆合成AI预测
恭喜双佳,基于AI的天然产物逆合成预测终于在Nature Communication正式发表.这篇paper曾被Nature Catalysis送审,可惜遇到reviewer是老牌化学家,不愿意接受AI。
国际基因组解释大赛(CAGI-6)致病变异预测冠军
在刚结束的第六届国际基因组解释大赛(CAGI-6)中,实验室研究生陈恳和丁茂林在致病基因变异预测(Sherloc clinical classification)中荣获冠军,并受邀在CAGI6会议中作线上报告。
人体约有0.1%的基因变异(~3百万个),但大多为中性变异,只有少数变异会导致疾病,其准确预测对临床诊断和精准医疗具有重要意义。为了有效评估各种预测方法,国际上举办了CAGI比赛,参赛者实行盲预测,不预知真实结果,其预测由第三方独立评估。该比赛类似于著名的国际蛋白质结构预测比赛(CASP),均由美国马里兰大学的John Moult教授组织,也被称为该领域的“奥林匹克竞赛”。
本研究组在变异预测领域有丰富经验,在2013年首次受Moult教授邀请参加肿瘤抑制基因CDKN2A变异预测,凭借在蛋白质结构预测上的丰富经验,将基于结构的自由能变化预测引入,在比赛中获得第一名,且预测误差远低于其他方法。在国内独立建立研究组后曾参加2018年CAGI-5的变异导致的可变剪接预测,获得第二名。本次比赛回归第一。
本科生入选国家级大学生创新项目
恭喜实验室20级(大二)本科生李文兵的《基于参考数据集的单细胞组学大数据智能注释系统》项目入选国家级大学生创新创业训练项目。
BIB paper: scRNA-seq clustering
Many congratulations to Yuansong for the paper accepted by Brief in Bioinformatics: A parameter-free deep embedded clustering method for single-cell RNA-seq data. The study developed ADclust, an automatic deep embedding clustering method for scRNA-seq data, to cluster cells without requiring a predefined number of clusters.
IJCAI paper: Subgraph Learning for DGI Prediction
Many congratulations to Jiahua for the paper accepted by IJCAI 2022 (AI top conference): “Communicative Subgraph Representation Learning for Multi-Relational Inductive Drug-Gene Interaction Prediction”. This year, 15% of the papers were accepted out of 4535 full-paper submissions.
冷冻电镜建模冠军
恭喜陈晟在最新国家蛋白质中心、阿里云、英特尔(中国)三方主办的“英特尔创新大师杯”冷冻电镜蛋白质复合物结构建模大赛中,我们的方法在1917支队伍中脱颖而出获得冠军,所构建的模型与实验结构平均相似度(TM-score)0.73,远超第二名的0.53。